Anais do Simpósio Brasileiro de Química Teórica
Anais do XXI Simpósio Brasileiro de Quimica Teórica - Vol. 1 2021

Olá Vinícius! Obrigado, fico feliz em esclarecer as dúvidas que são muito pertinentes.
1-R. É importante notar que estamos investigando as interações entre enzima e inibidor antes do ataque nucleofílico da Cys. Apesar de dados da Mpro sugerirem que antes da ligação do substrato ou ligantes o sítio ativo está na forma neutra e não iônica (Awoonor-Williams and Abu-SalehPhys. Chem. Chem. Phys., 2021, 23, 6746; Suárez and Díaz, J. Chem. Inf. Model. 2020, 60, 5815–5831), para a PLpro a triade estaria na forma iônica (Henderson et al., 2020, J. Chem. Phys. 153, 115101). Assim, no trabalho completo estamos investiando ambos os estados de protonação das duas enzimas e como isso poderia afetar a ligação dos ligantes. Aqui optamos por apenas mostrar uma parte pequena do trabalho. Dessa forma, estamos investigando o modo de ligação do disulfiram e outras moléculas no sítio ativo da PLpro na forma iônica também.

2-R. Usamos o docking não-covalente normalmente para representar a primeira etapa da reação, ou seja, a entrada do inibidor no sítio ativo e a formação do complexo não-covalente enzima-inibidor. Esta etapa é essencial para a inibição da enzima, pois fornece informações importantes sobre a possibilidade do ataque nucleofílico da Cys aos centros eletrofílicos do ligante, uma vez que uma conformação inadequada do ligante impediria o ataque do tiol/tiolato. Consideramos usar o docking covalente somente após o docking não-covalente e apenas em moléculas que realmente possam formar um aduto. Além disso, usar diretamente o docking covalente para moléculas que não se sabe o mecanismo de ação podem gerar falsos positivos, mas não é o caso do disulfiram. De fato, estamos trabalhando com o docking covalente e dinâmica molecular em outra etapa do trabalho que não foi mostrada aqui. Ademais, preferimos usar também cálculos de DFT na etapa da formação da ligação covalente porque os dados são muito mais precisos que o docking molecular.

3-R. Na etapa do docking o loop BL2 foi utilizado na conformação fornecida pela estrutura cristalográfica (PDB 7JN2), e as cadeias laterais dos resíduos estão fixas. Como você destacou esta flexibilidade é muito importante e preferimos explorar isso através da dinâmica molecular, uma vez que no docking flexível apenas as cadeias laterais estariam móveis mas o esqueleto peptídico não.

Olá Vinicius! Sim, esses detalhes são muito importantes, principalmente quando estamos trabalhando a nível atômico/molecular. Obrigado pelas dicas!

Olá Guilherme e obrigado! Sim! no caso do disulfiram, que é um conhecido inibidor covalente, estamos utilizando o docking covalente e também cálculos de DFT para melhor entendermos seu mecanismo de inibição, tanto na PLpro como na Mpro do SARS-CoV-2. Como respondi em outro tópico, preferimos utilizar primeiro o docking não-covalente para termos certeza que o ligante acessa o sítio ativo numa conformação adequada que poderia gerar o aduto e inativar a enzima.