Modo de Ligação entre a Proteína Dissulfeto Isomerase A1 e seu Oxidante Hidroperóxido de Urato – Um Estudo Computacional.
Detalhes
- Tipo de apresentação: Apresentação de Pôster / Poster Communications
- Eixo temático: Química Computacional
- Palavras chaves: Proteína Dissulfeto Isomerase; Hidroperóxido de urato; Docagem molecular;
- 1 Universidade Federal de Sergipe
- 2 Bioquímica / iQ (Instituto de Química) / Universidade de São Paulo
- 3 Universidade de São Paulo
Modo de Ligação entre a Proteína Dissulfeto Isomerase A1 e seu Oxidante Hidroperóxido de Urato – Um Estudo Computacional.
Antônio Luiz Silveira Vilanova Costa
Universidade Federal de Sergipe
Resumo
Estudos experimentais demonstraram que a PDI é oxidada pelo hidroperóxido de urato (HOOU).
A curta meia vida do HOOU dificulta o entendimento da oxidação da PDI por essa espécie.
Empregou-se diversos métodos computacionais para compreender o modo de ligação entre o PDI e o HOOU.
A perda de planaridade no HOOU não abole a aromaticidade desse oxidante.
A dinâmica indicou que o HOOU é um oxidante mais seletivo, e importante na sinalização redox.
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Antônio Luiz Silveira Vilanova Costa
Olá Paulo, com relação ao protocolo de dinâmica, incialmente foram feitas correções no sistema, com a neutralização das cargas, e na sequência dividiu-se o protocolo em quatro etapas: minimização stepest descent, equilíbrio usando um ensemble NVT, seguido de um ensemble NPT, e por fim utilizou-se a última conformação gerada na etapa NPT. O tamanho da simulação foi de 20 ns, sendo realizada em triplicata. Abraço!