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Estudo Computacional do mecanismo da reação CH4 + CH --> C2H4 + H
Jonas de Arruda Leite Júnior
Departamento de Química / Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto / Universidade de São Paulo
Agora você poderia compartilhar comigo suas dúvidas, observações e parabenizações
Crie um tópicoMudanças climáticas e o aumento da concentração dos gases do efeito estufa.
Otimizações das geometrias de pontos estacionários no nível CCSD(T)/cc-pVTZ.
Mecanismo de reação com efeito inverso de Arrhenius observado experimental e computacionalmente.
Rodrigo Albuquerque
Ola Jonas,
Parabens pelo trabalho e pela abordagem ao problema. Poderia me esclarecer duas questoes: 1. Quais caracteristicas levaram voces a escolher o nivel de calculo CCSD(T)/cc-pVTZ e 2. Por que nao realizou calculos termodinamicos fora das condicoes-padrao, visto que essas reacoes devem ocorrer fora dos 298,15 K. Obrigado
Mateus Xavier Silva
Boa tarde, Jonas. Parabéns pelo trabalho!
Seu TS1 está essencialmente na mesma altura de seu intermediário e sua reação se processa sem barreira. Esse resultado era esperado para esse sistema? Você chegou a fazer (mesmo que em nível mais baixo de teoria) cálculos IRC? De alguma forma você garante as conexões do TS1 que estão no seu diagrama?
Particularmente para o TS, você chegou a avaliar o diagnóstico T1 do seu cálculo coupled cluster?
Obrigado!
Jonas de Arruda Leite Júnior
Boa tarde Mateus. Obrigado pela pergunta.
A reação sem barreira era esperado para o sistema. Inclusive, o fato de se ter estados de transição com barreira negativa pode ser responsável pelo efeito inverso de Arrhenius observado experimentalmente por diversos trabalhos. Cálculos de IRC foram feitos no nível B3LYP/def2-TZVP e garantem as conexões de ambos os estados de transição (TS1 e TS2), porém, com esse nível de teoria, o TS1 fica acima da energia dos reagentes. Somente ao utilizar o Coupled Cluster é que se observa o abaixamento da energia relativa do TS1.
O diagnóstico T1 do CC deu na ordem de 10^(-2). Acredito que está dentro da faixa aceitável
Wagner Richter
Oi Jonas, legal seu trabalho. Uma pergunta de um não especialista: a energia de ativação negativa não estaria indicando a possibilidade de mais um intermediário estar presente dentre estes que você identificou? Talvez um intermediário com energia mais baixa, porém com energia positiva para ser acessado. Poderia ser essa uma possibilidade? Até mais!
Jonas de Arruda Leite Júnior
Boa tarde Wagner. Obrigado pela pergunta.
Não sei ao certo se existe alguma relação entre energia de ativação negativa e a existência de mínimos no perfil de energia ou mesmo na superfície de energia potencial. O que posso afirmar é que essa energia negativa é responsável pelo efeito inverso de Arrhenius (aumentar a temperatura diminuindo a constante de velocidade) observado experimentalmente.
De fato, essa é uma reação muito rápida, com k(T) da ordem de 10^(-11)cm³ s⁻¹ molecule⁻¹. Assim, a existência de mais mínimos implicaria na existência de mais estados de transição, o que não foi observado durante as buscas (pelo menos não para os dois canais de reação de interesse).
Estou à disposição.
Patricia Barreto
Jonoas, parabens pelo seu trabalho. Vi que voce tem uma SEP complexa,partindo do seu reagente ate chegar ao seu produto, voce encontra alguns intermediarios e TSs. Minha pergunta eh, como voce pretende calcular a sua taxa de reacao, levando em conta todas essas especies que voce tem?
Jonas de Arruda Leite Júnior
Boa tarde Patricia. Obrigado pela pergunta.
A ideia inicial é obter as taxas considerando o TS1 como gargalo da reação, ou seja, o ponto estacionário que controla a reação. O argumento é sustentado pelo fato do TS1 ter energia relativa maior do que o TS2. Dessa forma, inicialmente usaremos a TST e suas variações (teoria do estado de transição variacional, canônica, micro, etc) para obter a constante de velocidade do sistema CH + CH4 --> TS1 generalizando para a reação CH + CH4 --> H + C2H4 que é experimentalmente majoritária. Para isso, precisamos da melhor descrição possível da energia eletrônica desses pontos estacionários (pelas correções na energia mencionadas no vídeo) algo que, por sua vez, já foi feito nesse atual momento.
Estou à disposição.
Patricia Barreto
Voce ja considerou em montar um mecanismo de reacao ou utilizar o codigo mesmer para essa finalidade?
Jonas de Arruda Leite Júnior
O mecanismo que pretendemos utilizar é o mesmo demonstrado pelo perfil de energia. Não conheço o código mesmer, ficaria feliz em conhecer. Caso tenha a referência fácil aí, deixe aqui nos comentários. Muito grato pela contribuição =)
Patricia Barreto
segue as referencias: https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp3051033
o codigo eh livre e voce pode dar o download no link: https://sourceforge.net/projects/mesmer/, precisa estudar o manual, eh cheio de detalhes.
usando o mesmer para mecanismo de reacao, publicamos um atigo em 2019, Int J Chem Kinet. 2019;51:590–601, DOI: 10.1002/kin.21279, e estamos preparando outro para um mecanismo bem complexo no momento.
se tiver duvida ou quiser conversar, pode entrar me contato comigo, [email protected]
Francisco Bolivar Correto Machado
Jonas, Parabéns pelo trabalho! Você fez alguma análise do caráter multiconfiguracional dos estados estacionários?
Jonas de Arruda Leite Júnior
Olá Francisco. Obrigado pela pergunta.
Não foram feitos estudos multiconfiguracionais de nenhum ponto estacionário. Apenas cálculos para o estado fundamental mesmo.
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Jonas de Arruda Leite Júnior
Olá Rodrigo. Obrigado pela pergunta.
1. Fizemos vários testes com outros níveis de teoria (MP2 e DFT, basicamente) e o Coupled Cluster resultou nos melhores resultados. Dentro do método CC, tentamos aumentar a base durante as otimizações das geometrias até aug-cc-pV5Z, mas descobrimos que os pontos estacionários IM1 e TS1 "desaparecem" da superfície de energia potencial. O mesmo ocorreu com usando as correções F12 em CCSD(T)-F12/VTZ-F12. Assim, acreditando que o TS1 é o "gargalo" dessa reação, o melhor nível de teoria alcançado foi o CCSD(T)/cc-pVTZ.
2. A intenção inicial com os cálculos a 298,15 K é basicamente duas:
A) Por meio dos cálculos de frequência obter as informações moleculares independentes da temperatura, como as temperaturas características de vibração, rotação e energia do ponto zero. Posteriormente, com isso, calcular as funções de partição para cada grau de liberdade e as respectivas correções térmicas na energia. Dessa forma teremos a energia livre para o sistema CH + CH4 --> TS1 para cada temperatura, que por sua vez podem ser usadas para obtenção da constante de velocidade.
OBS: Optamos por esse caminho devido ao custo computacional em ter que fazer cálculos de frequências em diferentes temperaturas à posteriori
B) Obter a energia eletrônica (0K) e aplicar as correções (CBS + efeitos relativísticos escalares + correlação caroço-valência + excitações triplas e quádruplas). É com essa energia eletrônica corrigida a 0 K que estamos usando para aplicar as correções térmicas mencionadas em A).
Estou à disposição para mais questões
Rodrigo Albuquerque
Obrigado. Muito bem explicado !
Yuri Alexandre Aoto
Oi Jonas tudo bem? Vendo as energias parao IM1 e o TS1, dá para ver que o IM1 é de fato um poço muuito raso, e lendo a sua resposta da pergunta anterior (do Rodrigo), vi que você selecionou CCSD(T)/cc-pVTZ porque para bases maiores esses pontos somem. Mas que garantia você tem que eles de fato existem? Não podem ser atifício de se usar uma base pequena?
Jonas de Arruda Leite Júnior
Boa tarde Yuri, estou bem sim. Obrigado pela pergunta.
É uma questão interessante, pois não temos como garantir que o TS1 de fato existe. Computacionalmente, temos apenas o recurso da análise de frequências que mostra a possibilidade de tal afirmação. O que estamos observando é que ao aumentar o nível de teoria o TS1 (e o IM1) desaparece da superfície de energia potencial. Como se trata de uma reação bastante rápida ( k(T) da ordem de 10^(-11)cm³ s⁻¹ molecule⁻¹ ), esse estado de transição pode não existir de fato.
A insistência nesse ponto estacionário é embasado em trabalhos teóricos anteriores [ Z.-X. Wang, M.-B. Huang e R.-Z. Liu, Canadian journal of chemistry 75, 996 (1997) e mais recentemente J. M. Ribeiro e A. M. Mebel, Molecular Physics 113, 1865 (2015) ] e, por isso, utilizar o TS1 como gargalo da reação e consequentemente como maior contribuição para a constante de velocidade. As correções na energia eletrônica foram feitas recentemente e o sistema CH + CH4 --> TS1 gerou uma constante de velocidade em 298.15 K, por meio da TST convencional, na mesma ordem da experimental. Agora estamos calculando para diferentes temperaturas para avaliar a necessidade de outros ajustes.
Leonardo Baptista
Pegando carona na pergunta do Yuri, o TS otimizado tem energia mais baixa que o IM1. Será que o TS realmente existe? Ou será que não falta um refino nesta parte do mecanismo?
Jonas de Arruda Leite Júnior
Boa tarde Leonardo. Obrigado pela pergunta.
De fato, tanto o TS1 quanto o IM1 estão bem próximos em energia. Tive que aumentar as casas decimais para perceber a diferença. Mas o TS1 está levemente maior em energia (-2.2059) do que o IM1 (-2.2068). Para ambos os pontos estacionários foram feitos cálculos de frequência para sustentar a posição de mínimo e estado de transição respectivamente.
Entretanto, como comentado para o Yuri, não temos como afirmar que esse estado de transição TS1 de fato existe. Na verdade, com base em trabalhos anteriores, estamos mostrando que esse estado de transição deixa de existir ao aumentar o nível de teoria, pois ao corrigir a energia eletrônica com todos os itens mencionados no vídeo, daí sim o TS1 fica abaixo do IM1. Precisamos avaliar as possibilidades de usar o TS1 ou TS2 para os cálculos da constante de velocidade TST.