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Identificação de inibidores simultâneos de PARP1, Bcl-2 e Bcl-xL através de estudos computacionais
Rodrigo dos Santos Fuscaldo
Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Agora você poderia compartilhar comigo suas dúvidas, observações e parabenizações
Crie um tópicoUtilizou-se a base de dados ZINC para obtenção de compostos ativos frente a PARP1, Bcl-2 e Bcl-xL.
AutoDock Vina foi utilizado para realizar a varredura dos compostos através de docking molecular.
Através do docking cruzado, selecionou-se 18 compostos com alta afinidade prevista para os 3 alvos.
3 compostos já apresentavam inibição dual da Bcl-2 e Bcl-xL, validando a metodologia.
Como perspectiva se tem a realização de dinâmica molecular e ensaios biológicos.
Vinícius Bonatto
Oi Rodrigo, bem bacana a ideia e proposta do seu trabalho, cada vez mais inibidores multitarget estão em foco. Apenas algumas considerações, por favor. Você não acha que valeria o esforço a criação de um modelo farmacofórico considerando os 3 alvos simultaneamente? Assim, quando for procurar ligantes, a chance de acerto será maior já que estará direcionado. Vocês também pretendem fazer cálculos de energia livre utilizando a dinâmica? Acredito que possa ser interessante considerar outros valores de energia livre além do score do docking, visto as limitações que o score apresenta. Por fim, no futuro, vocês irão fazer ensaios enzimáticos/ in vitro para as moléculas identificadas? Muito obrigado e, mais uma vez, parabéns pelo trabalho.
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Rodrigo dos Santos Fuscaldo
Oi, Vinícius
A ideia do projeto foi realizar docking (que para o número de ligantes foi bem factível) e depois analisar via dinâmica molecular os compostos que tiverem bom score nos três alvos. Após a dinâmica, iremos fazer sim cálculos de energia livre utilizando o g_mmpbsa, assim teremos mais um indicador do potencial de inibição. É uma ideia legal fazer um modelo farmacofórico, ainda não exploramos esse lado, mas acredito que seja mais adequado se fôssemos procurar ligantes em espaços de busca mais amplos do que eu utilizei, utilizando o modelo farmacofórico como uma etapa anterior ao docking. É uma ideia legal!
E sim, depois de selecionar os melhores hits, a ideia é começar um novo momento do projeto, envolvendo síntese desses compostos e análogos para realizar testes biológicos. Como pegamos essas estruturas da base de dados ZINC, todos os compostos ja foram sintetizados antes, mas não aplicados para inibição multi-target.
Obrigado pelo comentário e interesse no trabalho.
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Abraço,
Rodrigo