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A macaúba (Acrocomia aculeata) é uma palmeira nativa da América do Sul, com predominância no Brasil. A importância econômica reside nos frutos, que são ricos em óleo e considerados promissores para a produção de biocombustíveis como o diesel verde e combustível de aviação. Além disso, a macaúba é capaz de ser cultivada em solos marginais e degradadas, possivelmente devido à interação com a microbiota presente na rizosfera. No entanto, essa interação ainda é pouco estudada. Assim, o objetivo deste trabalho foi identificar a presença de fungos endofiticos através da análise de transcriptoma das raízes e realizar uma análise filogenética. Para isso, o RNA total de diferentes tecidos, incluindo folhas, bulbos, flores, bainhas das flores e raízes foi extraído e sequenciado. Inicialmente, uma montagem de novo do transcriptoma foi realizada com o Trinity v2.5.1, seguido pela predição de ORFs com o Transdecoder v5.0.2. Em seguida, a abundância relativa dos transcritos foi quantificada pelo Kallisto v0.44.0 e uma análise de expressão genica tecido especifica (tspex). A anotação funcional foi realizada com o Pannzer2. A separação entre transcritos de plantas e fungos foi efetuada com o Kraken2 v2.1.3 e o Kaiju v1.6.3. Subsequentemente, os transcritos de fungos foram agrupados em ortogrupos usando o OrthoFinder v2.5.5. O alinhamento múltiplo foi realizado com o MAFFT v. 7. 526. Finalmente, a árvore filogenética foi construída com o IQTREE v2.3.6. e visualizada com o FigTree v1.4.4. Nossos resultados mostraram que cerca de 16% de transcritos expressos na raiz de macaúba pertenciam ao gênero Rhizophagus um gênero de fungos micorrízicos arbusculares que forma associações simbióticas com as raízes. Este estudo contribuirá para o nosso entendimento sobre a diversidade dos fungos micorrízicos de macaúba e seus papéis benéficos, como a promoção do crescimento das plantas e a tolerância a condições ambientais adversas.
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