Para citar este trabalho use um dos padrões abaixo:
O importante papel da dinâmica conformacional na atividade catalítica de β-lactamases
Luiz de Martino Costa
Universidade Estadual de Campinas
Agora você poderia compartilhar comigo suas dúvidas, observações e parabenizações
Crie um tópicoHospitais lotados, isolamento social e uma corrida contra o tempo para a
descoberta de uma vacina ou tratamento eficiente, estamos enfrentando o maior
desafio de saúde do nosso tempo com a pandemia da COVID-19 ou Síndrome
Respiratória Aguda. Neste contexto, um tópico de extrema relevância e com
consequências a curto e longo prazo é a resistência bacteriana aos antibióticos.
Estima-se que em 2014, bactérias multirresistentes tenham acarretado cerca de 700 mil mortes e projeções apontam para cerca de 10 milhões de mortes/ano em 2050. Devido ao seu amplo espectro de atividade, poucos efeitos colaterais e
farmacocinética favorável, os β-lactâmicos são os fármacos de escolha no tratamento de infecções bacterianas. A resistência aos β-lactâmicos pode ocorrer por diferentes mecanismos, onde o principal é a produção de enzimas β-lactamases, classificadas de acordo com sua sequência e mecanismo em classes de A a D. As β-lactamases pertencentes à Classe-D (OXAs), mais especificamente as enzimas pertencentes à subclasse “Carbapenem Hydrolyzing Class-D β-lactamases”, ganharam destaque nos últimos anos, já que representam o principal mecanismo de resistência do patógeno multirresistente Acinetobacter baumannii a carbapenêmicos, conhecidos como antibióticos de “último recurso”. Trabalhos realizados com as subclasses CHDL OXA-23, OXA-24/40 e OXA-143 mostram que o aumento da flexibilidade leva a uma melhora substancial na eficiência catalítica dessas enzimas contra todos os β-lactâmicos (penicilinas, oxacilinas, cefalosporinas e carbapenêmicos). Neste contexto, o presente trabalho investigou a influência da dinâmica na eficiência catalítica das OXAs pertencentes à subfamília OXA-143, através da OXA-499, cuja identidade de sequência é de 93 % com a OXA-143. Os parâmetros cinéticos, obtidos via UV-Vis e ITC, mostram que a OXA-499 é cataliticamente menos eficiente que a OXA-143 contra todos os β-lactâmicos testados, exceto contra ampicilina. Os dados de dinâmica molecular, foram obtidos após uma simulação de 400 ns com passo de 2 ps no software GROMACS 5.1.4 e utilizando o campo de força GROMOS 54a7. Os valores de RMSF mostram que tanto a OXA-143 quanto a OXA-499 apresentam maior flexibilidade nos loops; entretanto a OXA-143 possui, de forma geral, uma maior flexibilidade do que a OXA-499. Consequentemente, nossos dados apontam que a dinâmica tem um papel fundamental na eficiência catalítica das carbapenemase pertencentes à subfamília OXA-143.
Renan Vidal Viesser
Olá Luiz! Parabéns pelo trabalho! Minha pergunta na verdade é uma curiosidade de alguém que não é da área. Achei bastante interessante os seus resultados de dinâmica e fiquei curioso para saber mais sobre a relação entre flexibilidade e eficência catalítica. Existem uma relação direta entre elas ou isso depende da região ou resíduo da enzima?
Novamente, parabéns pelo trabalho!
Abraço
Sonia Maria Cabral de Menezes
Não ficou claro para mim como a RMN contribuiu para o seu trabalho. Poderia esclarecer!
Obrigada
Luiz de Martino Costa
Olá! Boa tarde!
Esse trabalho é complementar com o do colaborador Rafael Rospendowski (vai fazer a comunicação oral hoje), no qual se faz a comparação da atividade catalítica entre a OXA-143 e a OXA-499. No trabalho dele foram obtidos os dados experimentais, incluindo os derivados de RMN. O que apresentei aqui foi um comparativo entre as enzimas usando apenas a dinâmica molecular, pensando em como esse dado computacional se relaciona com os dados experimentais obtidos por ele. Peço desculpa se não ficou muito claro, mas se tiver mais dúvidas é só responder!
Obrigado por perguntar,
Luiz
Sonia Maria Cabral de Menezes
obrigada
SUEDSON RODRIGUES
Parabéns pelo trabalho!
Nos estudos de ITC e CD chegaram a avaliar numa temperatura média corporal em 37 °C?
Rafael Rospendowski
Olá Suedson,
Realmente variar as temperaturas para aquisição de dados é interessante, porém não foi realizado ainda...
No caso do ITC, realmente é completamente pertinente, mas no caso do CD, talvez apenas com o desenovelamento térmico já seria suficiente para inferir essa informação sobre sua estrutura secundária, já que o Tm obtido da OXA-499 foi de por volta de 48,9 °C, e que as variações na estrutura secundária da enzima ocorram apenas muito próximo dessa faixa.
SUEDSON RODRIGUES
Compreendido!
obg.
Com ~200 mil publicações revisadas por pesquisadores do mundo todo, o Galoá impulsiona cientistas na descoberta de pesquisas de ponta por meio de nossa plataforma indexada.
Confira nossos produtos e como podemos ajudá-lo a dar mais alcance para sua pesquisa:
Esse proceedings é identificado por um DOI , para usar em citações ou referências bibliográficas. Atenção: este não é um DOI para o jornal e, como tal, não pode ser usado em Lattes para identificar um trabalho específico.
Verifique o link "Como citar" na página do trabalho, para ver como citar corretamente o artigo
Denize C. Favaro
Oi Renan, tudo bem??
Obrigada pelo interesse no trabalho.
Embora nem sempre a dinâmica seja o fator fundamental, existem muitos trabalhos mostrando que a flexibilidade da enzima pode ser fundamental para a acomodação e posicionamento do substrato. Essa flexibilidade não se restringe ao sítio ativo, mas pode se extender a regiões bastante distintas da proteína. Em nosso caso, especialmente com algumas variantes, temos visualizado que um aumento na flexibilidade em regiões de loops que dão "acesso" ao sítio ativo levam a um aumento da eficiência catalítica. Entrentanto, existem casos em que esse aumneto na flexibiidade induz uma diminuição brusca na estabilidade térmica, por exemplo, levando a uma diminuição da eficiência..
Espero ter respondido sua pergunta, mas podemos conversar mais sobre o assunto.
Abrs.
D.
Renan Vidal Viesser
Obrigado, Denize! Respondeu sim, achei muito interessante como a dinâmica molecular pode fornecer informações sobre atividade da proteína. Parabéns pelo trabalho! Abraço
Victor Ulian Antunes
Parabéns pela apresentação Luiz!