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Objetivo: Verificar associação entre relação mãe-filho e ocorrência de anemia em crianças de 12 a 36 meses em São Luís. Métodos: Trata-se de um estudo de coorte “Fatores etiológicos do nascimento pré-termo e consequências dos fatores perinatais na saúde da criança: coortes de nascimentos em duas cidades brasileiras” - Coorte BRISA, realizada nas cidades de São Luís-MA e Ribeirão Preto - SP. Nesta investigação foram incluídos apenas os dados de São Luís. Os dados utilizados foram coletados por ocasião do nascimento e no seguimento do segundo ano de vida. A amostra final foi de 5.166 nascimentos da coorte de nascimento e 3308 crianças no seguimento do segundo ano de vida (12 e até 36 meses). Para a investigação de anemia utilizou-se dados de coleta de sangue de 2.213 crianças. Para analisar os efeitos da relação mãe-filho sobre a ocorrência de anemia em crianças de 12 a 36 meses, foi utilizado modelagem por equações estruturais. Resultados: A prevalência de anemia em crianças de 12 a 36 meses foi de 24,0%. O modelo proposto mostrou bom ajuste (RMSEA=0,019; CFI=0,965; TLI=0,961). A relação mãe-filho não mostrou efeito na ocorrência de anemia na criança (CF= 0,031; p=0,377). Conclusão: O estudo confirma a alta prevalência da anemia, ressaltando a magnitude do problema entre as crianças que vivem em uma capital do Nordeste brasileiro, porém parece não haver associação entre relação mãe-filho e ocorrência de anemia nessa faixa etária.