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Objetivo: Identificar portadores de Neisseria spp. e fatores associados à sua presença em núcleos familiares de residentes em Cuiabá-MT, seis anos após introdução da vacina conjugada meningocócica C (VCMC). Método: Estudo de corte transversal realizado em 2016, abrangendo dois grupos, um residente em área urbana de bairros de média baixa e baixa renda e outro de média alta e alta renda. Foram incluídas famílias que possuíssem ao menos uma criança menor de 5 anos de idade, portanto, com indicação de vacinação com a VCMC e que dispunham de carteira de vacinação. Para o isolamento da Neisseria spp foram coletadas amostras com swab da orofaringe de todos moradores de domicílios. Para a investigação de fatores associados a presença de portador no domicílio utilizou-se a regressão logística não condicional. Aprovado pelo CEP CAAE: 44626815.8.0000.5541. Resultados: Nos 150 domicílios incluídos residiam 738 indivíduos dos quais 711 (96,3%) foram examinados, 208/711 eram menores de 5 anos, dos quais 04/208 (1,92%) não vacinados com VCMC. Em 60/150 (40%) dos domicílios encontrou-se a presença de portadores de N. lactamica 14,7% (22/150); N. cinerea 14% (21/150) e N. meningiditis 11,3% (17/150). Mostraram-se independentemente associadas ao desfecho de interesse: possuir duas ou mais crianças por domicílio (OR=3,47 IC: 1,69-7,12) e domicílios com crianças que frequentam creches (OR=3,26 IC:1,55-6,86). Conclusões: As N. lactamica e N. cinerea foram as espécies mais prevalentes e a presença de portadores no domicílio mostrou-se associada ao maior número de menores de 5 anos no domicílio e ao contato dessas com outras crianças.