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Objetivo: Identificar padrão de ocorrência da Hanseníase no Brasil no período 2001 a 2015. Método: Estudo ecológico, com dados obtidos do SINAN-hanseníase. Os municípios foram classificados em: sem ocorrência (SC); com presença esporádica (PE=1-4 anos), com presença regular (PRG=5-9 anos), com presença recorrente (PRC=10-14 anos), com presença permanente (PP=todos os anos confirmados). Foram excluídos dados com município de residência ignorado. Foram confeccionados mapas temáticos com uso do ArcGis® 10.1. Resultados. Durante o período o Brasil notificou 651.272 casos novos. Foram encontrados 333 (6%) municípios na categoria SC e 1.135 (20,4%) municípios na categoria PE com 3.500 (0,5%) casos diagnosticados. Havia 1.179 (21,2%) municípios na categoria PRG que diagnosticaram 13.946 (2,1%) casos, 1.493 (26,8%) na categoria PRC com 62.759 (9,6%) casos e 1.430 (25,7%) municípios na categoria PP com 571.067 (87,7%) casos. Dos 333 (100%) municípios que não diagnosticaram casos no período, 232 (69,7%) eram da região Sul, 82 (24,6%) da Sudeste, 18 (5,4%) da Nordeste e 1 (0,3%) da Centro-Oeste. Do total dos 1.430 (100%) municípios que notificaram casos ao longo da serie histórica, 517 (36,2%) se encontravam no Nordeste, 298 (20,8%) no Sudeste, 269 (18,8%) no Norte, 239 (16,7%) no Centro-Oeste e 107 (7,5%) no Sul. Conclusão: A hanseníase é uma doença persistente em mais de ¼ dos municípios brasileiros, em especial aqueles das regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste. A persistência com elevada endemicidade e sua distribuição heterogênea no país demanda ações mais contextualizadas e torna o seu controle um desafio diante dos determinantes sociais da doença no país.