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Objetivo: Descrever aspectos clínicos e epidemiológicos do surto de malformação cerebral congênita (MFCC) em Salvador, Brasil, e avaliar a acurácia de diferentes critérios de triagem do perímetro cefálico (PC) na previsão da MFCC. Métodos: Analisamos dados de casos suspeitos de microcefalia notificados entre 30 de novembro de 2015 e setembro de 2016. Com base em estudos de imagem, um diagnóstico de MFCC foi confirmado ou descartado os quais foram comparados para fatores associados à MFCC. Sensibilidade, especificidade e valores preditivos positivos e negativos de diferentes critérios de triagem do PC na previsão de MFCC foram calculados. Resultados: Dos 365 casos investigados, 166 (45,5%) tinham MFCC. As lesões mais comuns foram calcificações intracranianas (85,9%) e ventriculomegalia (66,9%). A prevalência de MFCC confirmadas atingiu um pico em dezembro de 2015 (1,68 casos por 100 nascidos vivos). Comparados aos casos sem alteração de imagem, os casos de MFCC tinham maior chance de terem nascido pré-termo e de mães que com sinais e sintomas de infecção arboviral durante a gravidez. Nenhum dos critérios de triagem de PC teve um desempenho ideal, mas aqueles baseados na curva INTERGROWTH-21st foram os melhores. Conclusões: Foi observada uma prevalência excepcionalmente elevada de MFCC em Salvador após a epidemia de ZIKV. Sintomas gestacionais compatíveis com ZIKV foram associados com MFCC e devem ser usados em conjunto com estudos de imagem para suspeição de MFCC durante as epidemias de ZIKV, especialmente porque o PC em métodos de triagem não apresenta desempenho ideal.