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Objetivo: Analisar a associação entre características das Unidades Básicas de Saúde (UBS) e as internações pediátricas por Condições Sensíveis à Atenção Primária nas capitais brasileiras. Método: Estudo ecológico analítico, com capitais de unidades federativas brasileiras como unidade de análise. Os bancos de dados utilizados foram do Programa Nacional da Melhoria do Acesso e Qualidade da Atenção Básica, do Sistema de Informações Hospitalares do SUS e inquéritos populacionais referentes ao ano de 2012. As associações foram estimadas por Risco Relativo (RR) em análise de regressão de Poisson, com abordagem hierarquizada. A variável dependente foi a taxa de internações pediátricas por asma, diarreia e pneumonia em crianças, e como variáveis independentes as características das UBS, ajustadas para as características sociodemográficas e de oferta dos serviços públicos de saúde. Resultados: As capitais apresentaram baixa adequação das UBS para o atendimento pediátrico. Na análise ajustada, no bloco distal, UBS mais adequadas com equipamentos (RR: 0,98; IC95%:0,97-0,99), condições estruturais (RR: 0,98; IC95%:0,97-0,99) e sinalização (RR: 0,98; IC95%:0,97-0,99) se associaram à menor taxa de internação, enquanto o número de médicos (RR: 1,23; IC95%:1,02-1,48), impressos (RR: 1,01; IC95%:1,01-1,02) e medicamentos (RR: 1,02; IC95%:1,01-1,03) se associaram como maior taxa de internação. Conclusão: A oferta com maior número de equipamentos, sinalização e condições estruturais adequadas nas UBS está associada à diminuição de internações pediátricas por CSAP, e impressos, medicamentos e o maior número médicos tem aumentado às internações em crianças, provavelmente pela inadequação da estrutura, impedindo o profissional de atender na atenção básica, encaminhando o usuário para atendimento hospitalar.