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Objetivo: Descrever os métodos utilizados no Estudo Multicêntrico de Referência para Composição Corporal (Multi-centre Body Composition Reference Study– MBCRS) em Pelotas, Brasil, o qual tem por objetivo avaliar as mudanças que ocorrem na massa gorda e massa livre de gordura, ao longo do tempo, bem como produzir dados de referência para composição corporal de crianças saudáveis, durante os primeiros dois anos de vida, utilizando técnicas de diluição de isótopos estáveis. Métodos: Cinco países fazem parte do MBCRS: Brasil, Quênia, Paquistão, África do Sul e SriLanka. No Brasil, a primeira fase do estudo foi realizada de setembro de 2014 a fevereiro de 2015 e a segunda, atualmente em andamento, teve início em fevereiro de 2017. Mães e recém-nascidos são recrutados nas quatro maternidades de Pelotas, logo após o parto, conforme critérios de elegibilidade (características demográficas e socioeconômicas; idade, intenção de amamentar e tabagismo materno na gestação; idade gestacional e saúde do recém-nascido). Os neonatos têm peso, comprimento e perímetro cefálico medidos no hospital. Em cada visita (aos 3, 6, 9, 12, 18 e 24 meses), é feita uma coleta de saliva, anteriormente à administração oral de uma dose de óxido de deutério, e outras duas coletas de saliva são feitas 2,5 e 3 horas pós-dose de deutério. Também são medidos peso, comprimento, perímetros braquial e cefálico e dobras cutâneas triciptal e subescapular. Conclusões: Utilizando deutério (um isótopo não radioativo do hidrogênio), o estudo fornecerá informações importantes com relação às mudanças de composição corporal em crianças de diferentes locais do mundo.