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Objetivo: Esse trabalho destaca alguns aspectos da Política Nacional de Educação Permanente em Saúde (PNEPS) e suas repercussões no processo de micropolíticas no estado de Mato Grosso entre 2003 a 2010. Método: Para construção da pesquisa utilizou-se da triangulação dos dados composta por análise documental subsidiada pelo corpus documental do PEPSUS, CIES Estadual e Regionais. Foram realizadas entrevistas em profundidade e grupo focal. A perspectiva de análise é foucaultiana, reconhecendo os processos da microfísica do poder. Resultado: Tendo em vista ser uma política pública de educação em saúde, a proposta político-educativa ao estimular a aglutinação de sujeitos dos segmentos das escolas formadoras de profissionais de saúde, comunidade, trabalhador de saúde e gestores do sistema de saúde, propicia estabelecer articulações a partir dos colegiados regionais (câmaras técnicas) da Comissão Intergestores Regional (CIR) e Comissão Intergestores Estadual (CIB). Esse processo dialógico oportuniza estreitar a proximidade entre os agentes de saúde no estado de Mato Grosso e desencadeia efeitos no processo de aprendizagem-trabalho que culmina no fortalecimento das micropolíticas à regionalização pela interlocução dos agentes de saúde das regionais, pois, formulam estratégias para organizar-se e responder as necessidades de saúde locorregional. Conclusão: A PNEPS está imbricada na gestão de micropolíticas nos territórios, culminando no fortalecimento do processo de regionalização do Sistema Único de Saúde (SUS) em Mato Grosso, constituindo experiências que entendemos como extratos da microfísica do poder de Foucault que fomenta processos políticos e saberes significativos ao processo da formação-trabalho e educação em saúde para o SUS em Mato Grosso.