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Objetivos: descrever a prevalência de depressão entre trabalhadores da atenção terciária à saúde durante a epidemia de COVID-19 e seus fatores associados. Métodos: foi realizado um estudo transversal dos trabalhadores do hospital de referência no tratamento da COVID-19 pelo Sistema Único de Saúde (SUS) de Pelotas/RS, logo após o primeiro pico da epidemia. Os participantes responderam a um questionário digital autoaplicado em tablets, composto pelos os aspectos sociodemográficos, comportamentais e ocupacionais. A prevalência de Episódio Depressivo Maior (EDM) foi avaliada pelo Patient Health Questionnaire-9. Resultados: a prevalência de EDM foi de 15,4% (IC 95% 13,4 a 17,4 n=1146). Residentes, enfermeiros(as), técnicos(as)/auxiliares de enfermagem tiveram maiores prevalências de depressão do que os médicos. Em pessoas pretas ou indígenas a prevalência de depressão foi maior do que em pessoas pardas. A prevalência também foi maior entre mulheres, pessoas com história familiar de depressão, profissionais que relataram fatores de risco para a COVID-19, que relataram postergar necessidades fisiológicas e que presenciaram situações que estavam em desacordo com o que consideravam correto. Foram fatores de proteção à saúde mental ter um trabalho de baixa exigência, ter apoio social e ter espaço e/ou quantidade de pessoal adequado para executar o trabalho. Conclusões: a situação de emergência sanitária intensificou exposições dos trabalhadores de saúde a fatores que aumentam o risco de episódio depressivo maior. A revisão dos processos de trabalho para minimizar estas exposições e a atenção à saúde mental dos trabalhadores da saúde são fundamentais, tanto durante, quanto após a pandemia de COVID-19.
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