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A formação de cálculos no sistema urinário de grandes animais é frequente em algumas regiões do Brasil, apesar de pouco diagnosticado, predispondo à cistite e pielonefrite ascendentes. Não existem relatos na literatura consultada sobre a passagem de sonda nos ureteres guiada por endoscopia em cavalos, portanto, o objetivo deste trabalho foi padronizar a técnica de sondagem ureteral e colheita de amostras de urina da pelve renal, para avaliação laboratorial e microbiológica. Foram utilizadas oito éguas, de raças variadas, com peso médio de 439 kg. Estas foram sedadas e contidas para a realização da cistoscopia com endoscópio flexível. Após identificação do óstio ureteral esquerdo, pelo interior deste foi introduzida uma sonda, a qual percorreu toda a extensão do ureter até a pelve renal. O posicionamento da sonda no rim foi confirmado por meio da ultrassonografia, e então, aspirou-se 3 mL de urina de forma asséptica, para citologia e cultura microbiológica. Todas as amostras obtiveram resultados negativos na cultura e sedimentação. Esse estudo mostrou que a coleta de urina diretamente da pelve, consiste num procedimento viável, e os animais não demonstraram nenhuma alteração clínica após o método utilizado, não sendo necessárias avaliações após as coletas para comprovação da ausência de alterações. A vantagem desta técnica é que a amostra é mais representativa, pois nela as chances de contaminação são menores do que quando comparados com a coleta através de micção natural e sondagem da vesícula.