Escherichia coli é um bacilo gram-negativo, pertencente à família Enterobacteriaceae e faz parte da microbiota intestinal normal de animais homeotérmicos, incluindo as aves, atuando como bactérias comensais. Porém, há algumas espécies patogênicas para aves como a Escherichia coli patogênica aviária (APEC). O tratamento terapêutico com antimicrobianos é uma das etapas de controle para diminuir a morbidade e a mortalidade nas aves infectadas por APEC. O uso indiscriminado pode levar a seleção de cepas resistentes, sendo relatada em carne de frango uma alta frequência de contaminação por E. coli resistente aos beta-lactâmicos. Um dos mecanismos de resistência a estes antimicrobianos é a produção de enzimas ß-lactamases, como as do tipo CTX-M. Este estudo teve como objetivo caracterizar genotipicamente os genes de resistência do tipo CTX-M em amostras de E.coli isoladas de frangos doentes (APEC) e comparar com amostras de E.coli da cama de frango, microbiota intestinal de frangos saudáveis e dos galpões da granja. As amostras foram isoladas no período de outubro a dezembro de 2015 em uma granja no sul do Brasil. A reação em cadeia da polimerase foi utilizada para detectar os genes dos grupos CTX-M1, M2, M8, M9 e M25. Durante o período estudado, foram isoladas 60 amostras de E.coli, sendo 14 (23%) provenientes de frangos com lesões compatíveis com colibacilose, 15 (25%) amostras obtidas da microbiota, 22 (37%) da cama de frango e nove (15%) amostras do ambiente da granja. Deste total de amostras, 43 (71,6%) foram positivas para o gene CTX-M1, quatro (6,6%) para o gene CTX-M2 e resultados negativos para os outros genes. Dentre os grupos, a positividade apresentada foi 10/1 (45%/4,5%) em amostras da cama de frango, 11/1 (78,5% /1%) nos animais doentes, 12/3 (80%/ 20%) na microbiota e 9/0 (100% /0%) no ambiente, em relação aos genes CTX-M1 e CTX-M2, respectivamente. Em nosso estudo, notamos que a maioria dos isolados pertence ao grupo CTX-M1 e há baixa ou nenhuma prevalência dos grupos CTX-M2, M8, M9 e M25. A presença desses genes é um alerta para a capacidade de transferência horizontal durante a produção aviária e seu importante potencial zoonótico podendo ocasionar interferências no tratamento de infecções humanas.