Os grãos de milho podem ser contaminados por fungos no campo ou durante estocagem. Algumas espécies de fungos, como o Aspergillus parasiticus podem causar a deterioração dos grãos e produzir micotoxinas. O uso de compostos naturais com propriedades antifúngicas pode ser uma alternativa para reduzir as perdas, substituindo fungicidas sintéticos. O objetivo desse estudo foi avaliar o efeito de isotiocianato de alila (ITCA) na redução do crescimento de Aspergillus parasiticus em milho, durante 180 dias de estocagem. Trezentas gramas de grãos de milho foram tratados com ITCA (0, 5, 10 e 50 µL/L em volume do frasco) em frascos de vidro (830 mL), sendo então selados e armazenados por 2 d sob condições ambientais de umidade e temperatura. Em seguida, os frascos foram abertos por 1 h e inoculados com 10⁴ conídios de A. parasiticus/g, incluindo um grupo controle sem o tratamento. Nos dias 0, 2, 7, 14, 30, 60, 90, 120, 150 e 180, foram retiradas alíquotas de 10 g para a contagem de UFC/g em meio PDA. Da mesma maneira, foram avaliados os níveis de ITCA residual nos grãos tratados. A determinação de ITCA foi realizada por CLAE-DAD a 254 nm. O ITCA a 50 µL/L obteve redução significativa (p< 0,01) na população em 180 d de estocagem, sendo capaz de reduzir 3,17 Log UFC/g em relação a contagem inicial (4,09 Log UFC/g). Os tratamentos de 0,5 e 10 µL de ITCA/L, não apresentaram diferença em relação ao grupo controle. O ITCA residual não foi detectado no grupo tratado com 0,5 µL/L. Nos dias 0, 14 e 30, os tratamentos de 10 e 50 µL/L apresentaram respectivamente 69,2 e 73,8%, 6,5 e 29,1%, ND e 25,9% do ITCA inicialmente adicionado no milho. A absorção e liberação gradativa de ITCA promoveu a proteção do grão por longo período. O tratamento com 50 µL ITCA/L foi o mais eficiente, com inibição do crescimento do Aspergillus parasiticus durante 180 d.