O objetivo deste trabalho foi empregar a microfluídica de gotas na microencapsulação de agentes biológicos. Esta técnica baseia-se no processo de emulsão, geralmente água em óleo (A/O), para obtenção de micropartículas monodispersas produzidas em microcanais, tornando-se assim atrativa para aplicações biotecnológicas. Nesse intuito, um sistema microfluídico de gotas foi construído para encapsulação de Bacillus subtilis produtor de lipase em micropartículas de alginato de cálcio. A configuração em “T” gerou a quebra das gotas de alginato (contendo em sua mistura a suspensão celular e solução de CaCl2) por fluxo cruzado, tendo como fase contínua o óleo de milho com poliglicerol polirricinoleato (PGPR). Através do controle das vazões, foram obtidas micropartículas monodispersas (indicados pelo CV < 5%) com diâmetros na ordem de 115 µm. Portanto, esta técnica apresenta potencial para encapsulação de biocatalisadores, constituindo-se numa promessa inovadora para a biotecnologia industrial.