Aplicação de Dinâmica Molecular com modelos coarse-grained para determinação do fator de forma de proteínas em solução.
É possível simular proteínas usando abordagens atomísticas de Dinâmica Molecular. Entretanto, para algumas aplicações, dependendo da escala de tempo e do tamanho da molécula proteica, o uso de aproximações ainda é necessário. Nesse trabalho apresenta-se o desenvolvimento de um modelo coarse-grained para a simulação de proteínas em solução. Aminoácidos são aproximados por esferas de três tipos - neutra, positiva ou negativamente carregadas. O campo de forças é considerado como a soma de potenciais intermoleculares (eletrostático - Coulômbico - e de Mie), e intramoleculares relacionados a distância e ângulo de ligações. A aplicação do modelo desenvolvido à descrição da Albumina Sérica Bovina em solução aquosa mostrou que é possível obter uma boa aproximação para o fator de forma da proteína em solução aquosa partindo apenas de sua estrutura primária, sem conhecimento prévio de sua estrutura cristalográfica.