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Rhinoclemmys punctularia punctularia é o único quelônio da família Geoemydidae com distribuição para o Brasil, até o momento. Com hábitos semi-aquáticos, apresenta ampla distribuição na bacia Amazônica, mas ainda é pouco conhecido e estudado. Nosso estudo apresenta informações sobre a ecologia de duas pequenas populações de R. p. punctularia, localizadas nas bacias do Tocantins e Tapajós. Avaliamos o esforço amostral e aspectos populacionais e habitats utilizados pela espécie a longo das estações (seca, enchente, cheia e vazante). Capturamos 45 espécimes de R. p. punctularia, sendo 14 na bacia do Tocantins e 31 na bacia do Tapajós. A proporção sexual não diferiu de 1:1 nas duas populações amostradas. A frequência de distribuição das classes de tamanho não diferiu entre as duas populações (D = 0.25; P = 0.57). Dentro das populações, entretanto, tendeu à normalidade (W = 0.98; P = 0.79) no Tapajós, com mais indivíduos capturados entre 160 e 199 mm de CC (comprimento da carapaça), e diferiu da normalidade, no Tocantins (W = 0.86; P = 0.03). Dentre as duas populações o menor indivíduo capturado, um jovem, mediu 71 mm de CC e o maior, uma fêmea, 258 mm de CC. Rhinoclemmys p. punctularia foi capturada, com maior frequência, em córregos de primeira ordem, seguido de córregos represados e de segunda ordem. A taxa de captura entre as estações hidrológicas não variou nas duas populações, mas foi necessário grande esforço em armadilhas (média de 215 horas/armadilha) para captura de um único indivíduo, confirmando a natureza rara da espécie.
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