Rizóbios são bactérias diazotróficas importantes por realizarem o processo de fixação biológica de nitrogênio (FBN) em leguminosas; algumas estirpes de rizóbios são utilizadas como inoculantes microbianos, substituindo o uso de fertilizantes nitrogenados. Esclarecer a taxonomia desse grupo de procariotos favorece a compreensão da evolução e da relação entre as espécies, permitindo estudar aquelas de maior interesse biotecnológico. O objetivo deste trabalho foi determinar, por meio de estudo polifásico, o grupo taxonômico e as relações filogenéticas de três estirpes do genêro Rhizobium, simbiontes de plantas de feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.) e foram isoladas do México, centro de diversidade genética dessa leguminosa. As estirpes foram avaliadas fenotípicamente (análises de morfologia de colônia em meio YMA com vermelho Congo) e fisiologicamente (crescimento em diferentes fontes de carbono, pHs, temperaturas, e meios contendo 1% de NaCl e 2% de ureia). Foi analisada a diversidade intraespecífica por meio de BOX-PCR e a filogenia foi pela construção de árvores filogenéticas utilizando sequências do gene 16S rRNA e de quatro genes housekeeping (recA, glnII, gyrB e rpoA), isolados e concatenados (metodologia Multilocus Sequence Analisys), com o programa MEGA. As análises foram realizadas comparando as estirpes em estudo com estirpes de refêrencia de espécies de Rhizobium simbiontes do feijoeiro. As estirpes avaliadas apresentaram resultados típicos do gêneto Rhizobium, como colônias circulares, convexas e de borda lisa. Dentre as fontes de carbono, 10 foram positivas e similares às três estirpes. Os resultados foram negativos para o crescimento em pH 4,0, temperaturas de 37° e 40°C. O perfil de BOX apontou similariedade alta entre as estirpes em estudo e menor que 70% entre as espécies já descritas. Em relação ao gene 16S rRNA, as estirpes CNPSo 661, 666, 668 foram agrupadas no grande grupo de R. etli, R. pisi e R. ecuadorense. Entretanto, no estudo com os genes housekeeping, as estirpes ficaram agrupadas entre si, mas em posições isoladas em relação às espécies já descritas, tanto nas árvores individuais, como na concatenada, com um suporte bootstrap de 100%, tendo como a espécie mais próxima R. etli. Assim, por meio dos resultados obtidos neste trabalho, é sugerido que as estirpes CNPSo 661, 666 e 668 podem representar uma nova espécie ou subespécie.